O Internato Complementar de Medicina Geral e Familiar teve o seu inicio em 1981 (Portaria 357/80 de 28 de Junho), à data com a designação de Internato de Generalista e posteriormente com a de Internato de Clínica Geral.
Antecedeu por um curto espaço de tempo a promulgação do Decreto-Lei n.º 310/82 que cria a carreira de Clínica Geral.
No seu início, 1981, é criado um Conselho Coordenador do Internato de Generalista, constituído por 3 coordenadores, um por cada zona do país (Norte, Centro e Sul). Só mais tarde, em 1987, o Despacho 8/87, vem reafirmar o Internato Complementar de Clínica Geral de cada zona orientado por um coordenador e vem estabelecer a articulação entre as Coordenações e as Administrações Regionais de Saúde e os Centros de Saúde.
Em 1995, com a publicação do Regulamento dos internatos (Portaria 695/95 de 30 de Junho), foram redefinidas as atribuições e competências das coordenações do Internato Complementar de Clínica Geral.
Ao nível da Coordenação de Internato Complementar de Clínica Geral da Zona Sul, em 1988, é publicada a primeira caderneta de estágio, define-se o papel do orientador de formação como elemento facilitador e é atribuída à formação em Centro de Saúde a duração equivalente a um terço do tempo total do internato.
Em 1999 são criadas as Direcções Internato Sub-regionais, altura em é constituída a Direcção de Internato do Alentejo.
Em 2013 com a criação de três Coordenações de Internato da Zona Sul, uma por ARS, tem lugar a extinção da Coordenação de Internato Complementar de Medicina Geral e Familiar da Zona Sul, passando a Coordenação de Internato Complementar de Medicina Geral e Familiar do Alentejo a existir como entidade autónoma na dependência da ARS Alentejo.